課程分成課堂講解，學生leading discussion，及專題研究計畫(mini-project)等三部分。課堂講授主要內容，包括土壤有機物功能及作用機制、土壤有機物與全球養分循環關係，以及如何應用先進儀器於土壤及土壤有機物研究等相關議題。Leading discussion與專題研究部分，則讓學生選擇土壤或土壤有機物題目，進行相關文獻收集、研讀發表期刊(必需發表在最近兩年)，並於課堂中，主持討論其分析技術、實驗操作、資料分析與結果討論等。專題研究計畫，學生可選擇其論文研究，或是選擇有興趣的研究方向，設計並進行實驗，最後寫成研究報告展示。